Ceritanya berkisah tentang seorang siswa SMA tahun pertama, Teiichi Niiya yang baru saja mendaftar di Seikyou Private Academy. Ketika dia tersesat di salah satu gedung tua sekolah, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Yuuko Kanoe yang mengungkapkan dirinya sebagai hantu tanpa ingatan. Teiichi kemudian memutuskan untuk menyelidiki kematiannya dengan menggali jauh ke dalam Tujuh Misteri terkenal dari sekolah bertingkat bersama dengan Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan Momoe Okonogi tahun kedua yang tidak sadar. Sepanjang cerita, Teiichi dan Yuuko menemukan kebenaran tentang cerita hantu ini dan membantu mereka yang bermasalah sambil beringsut lebih dekat dengan kebenaran di balik kematian Yuuko.