Ketika dia masih kecil, Murakami berteman dengan seorang gadis yang dia panggil Kuroneko. Suatu hari, ketika mencoba membuktikan keberadaan alien kepada Murakami, dia terbunuh dalam kecelakaan yang nyaris tidak bisa bertahan. Bersalah atas perannya dalam kecelakaan itu, Murokami memutuskan untuk mendedikasikan hidupnya untuk membuktikan bahwa alien itu ada. Kemudian, suatu hari, seorang siswa baru dengan kekuatan misterius pindah ke kelasnya yang tidak hanya sangat mirip Kuroneko, tetapi juga bernama Kuroha, Neko.