Setelah penjahat super Shredder lolos dari tahanan, ia bergabung dengan ilmuwan gila Baxter Stockman dan dua antek bodoh, Bebop dan Rocksteady, untuk melancarkan rencana jahat untuk mengambil alih dunia. Saat Turtles bersiap untuk menghadapi Shredder dan kru barunya, mereka mendapati diri mereka menghadapi kejahatan yang lebih besar dengan niat yang sama: Krang yang terkenal jahat.