Berlatar belakang perang dunia kedua fiktif di sebuah kota internasional di Asia. Di Jepang, Letnan Kolonel Yuki (Yusuke Iseya) merekomendasikan pendirian sekolah pelatihan mata-mata “D Kikan”. Sementara itu, Kato (Kazuya Kamenashi) menghadapi hukuman mati karena penolakannya untuk mengikuti perintah atasan. Kato kemudian dibina oleh “D Kikan”. Dia melewati resimen pelatihan yang keras dan menghadapi misi pertamanya sebagai mata-mata. Untuk menyita dokumen rahasia duta besar Amerika Graham “Black Note.” Kato menyusup ke kota internasional. Sebuah pertempuran untuk mendapatkan kepemilikan “Catatan Hitam” terjadi antara Kato, seorang wanita misterius bernama Rin (Kyoko Fukada), Badan Mata-mata Inggris, Badan Mata-mata Soviet dan tentara radikal di Jepang.
