Kelompok privateers yang dikenal sebagai Blue Steel melanjutkan misi mereka untuk memberikan cetak biru dari Vibration Warhead Torpedo, senjata yang dapat mengubah gelombang perang yang menguntungkan mereka, ke Amerika Serikat. Namun, ancaman baru muncul dari musuh mereka, Armada Kabut yang luar biasa dalam bentuk “Dewan Siswa”, sekelompok kapal perang yang terdiri dari Model Mental yang tersisa, avatar humanoid kapal, yang belum menghadapi kapten yang tidak dapat diprediksi. Baja Biru, Gunzou Chihaya. Saat Baja Biru semakin dekat untuk memahami asal usul otoritas yang mengendalikan musuh, masa lalu Iona mengungkapkan awal perang dan alasannya berpihak pada kemanusiaan.